税務調査は納税額が出ないと見込まれる法人には来ません。
国税庁は様々な取引情報や預金情報を収集していますので、特に売上が急激に増えてきている法人は早急な対応が必要です。
過去の事例でも、開業以来赤字続きのため申告を怠っていた法人が、近年売上が急増したところを税務調査に入ったケースが最も多いと言えます。
また、取引先の調査に伴い連動して税務調査が入ることも少なくありません。
取引先に税務調査が入り、その外注先を調べる一環で調査が行わる場合も大いにあり得ます。こちらは無申告ですから当然に調査に入るわけです。
無申告期間が赤字であると基本的に法人税はかかりませんが、消費税はかかる場合が少なくありません。
また、給与の支払いがありますと源泉所得税の未納が発生しますので、赤字であるかと言って全く税務調査が入らないとは限りません。いずれにしても無申告は早めに解消することに越したことはないのです。