税務調査のほとんどは一般調査です。一般調査の場合、いきなり税務署員が押しかけてくることはまずありません。調査は下記のような流れで進行します。

episode１：税務署からの事前連絡
一般調査の対象になると、事前に税務署から会社に連絡が入ります。
顧問税理士がいる場合には、税理士に連絡が入ります。

episode２：調査日の日程調整
調査の日程は、会社側の都合に合わせることが可能です。
繁忙期などには、2～3週間先になることも多々あります。
顧問税理士と日程を調整の上、調査日を決定しましょう。

episode３：税理士との資料内容確認
調査では、領収書などの証拠資料を必ず求められます。
当日に慌てないためにも、資料は事前にきちんと用意しておきましょう。
また、税理士との間で、当日の流れについてある程度予測を立てて確認すべき点を抑えておけば、調査日に余裕を持って臨むことができます。

episode４：調査当日
事前に準備をしておけば、あとはリラックスして臨むだけです。
調査官の質問には自然体で回答しましょう。
一般調査であれば、会社内の実地調査は通常2日ほどで終わります。

episode５：税務署による分析と、顧問税理士への連絡
調査後、税務署員は実地調査で収集した資料の分析を行います。
調査内容に問題がなければ、申告是認となり終了です。
実際の税務調査ではこのケースも少なくありません。
指摘事項などがある場合には、顧問税理士へ連絡が入ります。
顧問税理士はその指摘事項を分析し、税務署側の主張が正しいのか、または反論できるのか検討し、税務署側と折衝を繰り返します。

episode６：修正申告書の作成
申告内容に誤りがあった場合には、税務署と顧問税理士が折衝して調整を行います。
顧問税理士の経験や折衝力が大きく影響する場面です。
調整後の額について納税者の合意が得られたら、修正申告書を作成します。
なお、税務調査にて修正申告が発生した場合には、翌年の法人税申告の際、前年度の修正申告書を加味して作成する必要が生じるため、計算が特に複雑になります。
調査額にどうしても納得がいかない場合は、修正申告を行わずに税務署の「更正」通知を待つ形となります。更正の内容にも納得がいかず、応じない場合は、国税不服審判所の審査等を経たのちに裁判で争うことになります。

修正申告後、不足分の税額や延滞税、過少申告加算税、場合により重加算税といった追徴課税を納めることになります。追徴課税の納付は一括が原則ですが、無理な場合は税務署と協議の上、分割納付を図ることができます。

episode７：余談
税務調査を恐れる必要はありませんが、初めて調査を受ける方はとても緊張されるようです。
まずはできるだけリラックスして、感情的にならないことが大切です。
顧問税理士がついている場合、税務署側の行き過ぎた調査展開に対する指摘や、法的な解釈のせめぎあいは税理士が担当してくれます。

税務調査は、取引の処理が税法に照らして正しいかどうか、「解釈」のせめぎあいです。
調査結果が解釈の仕方いかんで決まるところがあるため、嘘をつくことはありえません。軽い一言が後々のトラブルのもととなるケースも少なくないからです。ご自身が一生懸命にやってきた事が調査官に思った通り伝わらない事は悲しいことですので、税理士と事前の打ち合わせをして考えを整理して欲しいと思っています。

例えば、AからBへの支払いがあった場合に、これを取引の対価すなわち「経費」の支払いと見るか、支払う対価のない「寄付」と見るか。事実の解釈次第で経費が認められたり否認されたりします。こうしたケースでは、証拠資料はもちろん、経営者の一言も重要な判断材料となる場合が往々にしてあるのです。